Hi ha nou reptes en què centrar-se a l'hora d'incorporar probiòtics a les matrius alimentàries. Són: 1. selecció de soques, 2. producció de soques, 3. com inocular els aliments, 4. com garantir la supervivència durant el processament, 5. com evitar la pèrdua de viabilitat durant l'emmagatzematge, 6. com calcular [Probiòtics] Recompte de colònies , 7. Efectes sobre les propietats sensorials dels aliments, 8. [Conservació del producte] estabilitat a les llars dels consumidors, 9. I tenen un paper en el tracte gastrointestinal.
Concretament, en els sucs, els àcids orgànics solen portar el pH del producte per sota de 4, fet que inhibirà la supervivència dels probiòtics. En la selecció, s'han de tenir en compte aquells probiòtics que toleren un pH baix, com ara Lactobacillus sobre Bifidobacterium.