Encara que els probiòtics es consideren beneficiosos per a la salut, per a algunes persones, la ingestió inicial d'aquests microorganismes pot causar una sèrie de símptomes incòmodes. Quan es prenen probiòtics per primera vegada, algunes persones poden experimentar símptomes com inflor, diarrea, mal de cap, febre, dolor muscular, boira cerebral i possiblement ansietat. Es creu que aquests símptomes són una resposta als canvis que es produeixen al cos, com ara la desaparició de possibles patògens o la reactivació de les respostes intestinals, un fenomen que de vegades es coneix com la "reacció d'Herxheimer".
La reacció d'Herxheimer és una resposta inicial que normalment indica que el cos s'està adaptant a un nou entorn microbià. Això pot ser degut a la interacció dels probiòtics amb la comunitat microbiana existent, provocant la mort dels bacteris o l'alliberament de metabòlits que desencadenen aquests símptomes. Encara que incòmode, aquesta reacció sol ser de curta durada i disminueix ràpidament. Es pot considerar com una part del procés d'homeòstasi del cos.
Això sol afectar només un nombre reduït de persones, els símptomes són lleus i solen durar només uns quants dies a unes poques setmanes. Si aquests símptomes us fan incòmode, podeu reduir la dosi o deixar d'utilitzar-la durant uns dies abans de tornar-ho a provar; si aquests símptomes persisteixen durant més d'unes setmanes, deixeu d'utilitzar-lo; Si teniu dificultat per respirar, coll atapeït, urticària o altres símptomes de reaccions al·lèrgiques, deixeu d'utilitzar-lo immediatament. Per reduir la possibilitat d'efectes secundaris, especialment per a aquells amb sistemes digestiu sensibles, és aconsellable començar amb una petita quantitat de probiòtics i després augmentar la dosi durant unes poques setmanes.
Els probiòtics s'han d'utilitzar amb especial precaució en persones amb deficiències immunitàries greus, ja que en casos rars, la ingestió de probiòtics pot provocar infeccions. Això es deu al fet que el sistema immunitari no pot controlar eficaçment la proliferació de microorganismes al cos, provocant el risc d'infecció.
Algunes persones poden tenir reaccions al·lèrgiques a certs tipus de probiòtics, especialment llevats relacionats amb Saccharomyces boulardii. Altres tipus de probiòtics, com els lactobacils, generalment no desencadenen reaccions al·lèrgiques.
Alguns probiòtics poden produir histamina al tracte digestiu. L'alliberament excessiu d'histamina pot causar símptomes com picor, augment de la producció de llàgrimes, secreció nasal, dificultat per respirar, enrogiment i inflor, especialment per a aquells amb intolerància a la histamina. Eviteu aquestes soques probiòtiques per evitar molèsties.